Фамилия Юрдин — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типовой суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Юрды). Основа здесь — Юрда. Но что это за имя или прозвище?

Самая вероятная версия связывает Юрду с тюркским словом «юрт» (родина, стойбище, земля). В диалектах и при заимствовании в русский язык конечный «т» мог озвончиться или перейти в «д», особенно в разговорной речи. Тогда Юрда — человек, имеющий отношение к земле, оседлый хозяин или, напротив, кочевник, для которого юрта — дом. Однако есть и другая, более прозаичная гипотеза: Юрда — это фонетический вариант имени или прозвища Юр. Юр в древнерусском языке означало «ретивый, быстрый, проворный» (отсюда слово «юркий»). В этом случае Юрдин — потомок расторопного, подвижного человека.

Фамилия могла возникнуть в регионах активного русско-тюркского пограничья — на юге России, в Поволжье или на Урале, где фамилии с основой на -да встречаются чаще. Суффикс -ин указывает на то, что предок носителя фамилии жил в среде, где фамилии формировались по патронимическому принципу (по отцу), а не по географическому (-ский) или профессиональному. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не числится, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении большинства Юрдиных. В отличие от фамилий на -ов (Юров), модель на -ин (-ин) в этой основе встречается реже, что и делает Юрдина заметным исключением среди однокоренных «Юровых» и «Юркиных».