Фамилия Юшутин — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной исходной основой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Юшутин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Юшута. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

Самая вероятная версия — происхождение от имени Юшута. Это уменьшительная форма от крестильного имени Юрий (в древнерусском звучании — Гюргий, Юргий). По той же модели образованы фамилии Юшин, Юшков, Юрков. Уменьшительный суффикс -ут- характерен для народной, нецерковной традиции: ср. Ванюта (от Иван), Петрута (от Пётр). Таким образом, Юшута — ласкательное обращение к Юрию, закрепившееся как прозвище.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза: основа могла быть тюркской. В татарском и башкирском языках слово юш означает «лёгкий», «удобный» или «покладистый». С добавлением аффикса -ут получается прозвище со значением «покладистый человек». Однако эта версия слабее, потому что фамилии на -ин в русской среде почти всегда отталкиваются от славянских личных имён, а не от прямых заимствований из тюркских наречий. География фамилии (встречается в Поволжье, в частности в Чувашии и Татарстане) допускает смешение версий, но лингвистически русская модель образования первична.

В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия не фиксируется — это говорит о её сравнительно позднем закреплении. Скорее всего, Юшутины — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника в XIX веке, когда шла массовая паспортизация. Дворянских родов с такой фамилией в истории нет.

Однокоренные фамилии — Юшков, Юшин, Юшуткин — подтверждают, что основа «Юш-» была продуктивной в русском именослове. Все они восходят к одному корню: имени Юрий в его народных вариантах.