Фамилия Юстипова — редкий случай, где написание почти полностью скрывает исходное имя. Скорее всего, перед нами не самостоятельная основа, а результат местного произношения и последующей записи на слух. Наиболее вероятная версия: Юстипова образована от мужского имени Устип, которое, в свою очередь, — просторечная форма канонического имени Иустин (от латинского justus — «справедливый»). В русских говорах начальное «и» нередко переходило в «ю» (ср. Илья — Юлья, Иван — Юван), а глухой «с» в середине мог озвончаться или, наоборот, упрощать сочетание. Так Иустин через форму Устин дал Устип, а от него — фамилия Устипов, которая при записи могла быть «исправлена» на Юстипов.

Словообразовательная модель здесь классическая: Юстип + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Юстипа»). Фамилия на -ова — женская форма, но в разговоре обычно подразумевают мужской вариант Юстипов. Подобные фамилии (Устинов, Устимов, Юстинов) встречаются чаще, а Юстипов — одна из самых редких ответвлений, закрепившаяся, вероятно, в конкретной семье или локальной группе.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были распространены старые русские говоры с аканьем и редукцией гласных — центральная Россия, Поволжье. Встречается она крайне редко, что говорит о небольшом числе носителей и, возможно, общем происхождении от одного предка. Сословно носители могли быть крестьянами или мещанами — фамилии на -ов в этой среде были основным типом.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с тюркским именем Юстип (вариант Юсуп, Юсуф), но для этого нет убедительных исторических свидетельств, а русская суффиксальная модель -ов говорит в пользу славянской адаптации христианского имени.