Фамилия Ювонин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Ювона, которое, в свою очередь, является диалектной или просторечной формой канонического имени Иов. Иов (от древнееврейского «преследуемый, враждуемый») в народной речи на русском Севере и в Поволжье нередко превращался в Ювону, Ювошу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ювонин — «сын Ювоны».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, связывает фамилию с финно-угорским субстратом. В карельском и вепсском языках есть основа «juvon» (речной, от «jogi» — река). Если предок жил на реке, его могли прозвать Ювоной, а потомков записать как Ювониных. Однако для этой гипотезы нет надёжных письменных подтверждений, а имя Иов в русском ономастиконе встречается повсеместно, тогда как финский след был бы узко локальным.

Словообразовательная модель проста: основа Ювон- плюс притяжательный суффикс -ин. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я (ср. Фомин, Никитин). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Юво́нин.

Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих — её носителями были, по всей видимости, крестьяне или посадские люди. Географически она тяготеет к северным и северо-восточным областям России, где имя Иов в форме Ювона было особенно употребительно. Встретить Ювониных можно в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также в Пермском крае. Среди однокоренных — фамилии Ювонов, Ювочкин, Иовлев, но Ювонин стоит особняком благодаря редкому суффиксу -ин, который в данном случае закрепил именно народную, «домашнюю» форму имени.