Фамилия Ювонина — редкий пример, где женская форма закрепилась в документах раньше или прочнее мужской. В основе лежит имя или прозвище Ювон, которое, скорее всего, является народной, обиходной формой канонического имени Иов (в просторечии — Иовон, Йовон). Закономерность простая: начальное «Й» перед гласной в русских говорах часто переходило в «Ю»: Юрий из Георгий, Юлиан из Иулиан. Так и Йовон дал Ювон.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ювонин, то есть сын или потомок Ювона. Модель типична для северных и центральных областей России, где притяжательные прилагательные на -ин образовывали фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Форма Ювонина — это родительный падеж женского рода, который в разговорной речи и в записях закрепился как фамилия вдовы или дочери Ювонина, а затем, по аналогии с другими фамилиями на -ина, перешёл в разряд неизменяемых.

Само имя Иов (библейский праведник, символ терпения) в крестьянской среде давали нечасто, но устойчиво. Прозвищный вариант Ювон мог закрепиться за человеком, который отличался спокойным, терпеливым нравом — или, наоборот, иронично, за вспыльчивого. Другая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «ювенить» (шуметь, кричать, суетиться), но такая лексема зафиксирована лишь в нескольких говорах Вологодчины.

Фамилия встречается точечно, преимущественно в Поволжье и на Урале. Встретить её в старых боярских списках или среди дворянства не приходится: это поздняя, крестьянская или мещанская фамилия, которая оформилась не раньше XVII–XVIII веков. Поскольку мужская форма Ювонин почти не фиксируется в современных справочниках, можно предположить, что носительницы фамилии Ювонина происходят из семей, где в какой-то момент женская ветвь стала основной по документам — например, после ревизий, когда записывали вдову с детьми.