Фамилия Юдонина — женская форма фамилии Юдонин, и её стоит разбирать через мужской вариант. Основа здесь — имя или прозвище Юдона, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Юдонин, то есть сын или потомок Юдоны.

Само имя Юдона — это производная форма от канонического имени Иуда (в русской традиции через «ю»). Иуда — древнееврейского происхождения, означает «хвала Господу» или «прославленный». В быту имя было нередким, несмотря на евангельскую ассоциацию с предателем: на Руси его давали в честь апостола Иуды Фаддея, а не Иуды Искариота. От Иуды в народной речи образовались уменьшительные варианты: Юда, Юдка, Юдок, и наша Юдона — одна из таких форм. Суффикс -он- здесь характерен для северных и северо-восточных говоров (сравни: Иван → Ивона, Матвей → Матвона).

Фамилия Юдонин — довольно редкая. Встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье, что подтверждает её северное происхождение. Встречаются варианты написания через «ё» — Ёдонин, но это уже результат местного произношения (ёканья), а не самостоятельная линия.

Если отбросить версию с именем, можно предположить связь с диалектным словом «юдонь» — так в некоторых говорах называли овраг или низину. Но это маловероятно: прозвища по рельефу обычно давали в форме «Юдин» (от «юда» — болотистое место), а не Юдонин. Наиболее правдоподобное объяснение — всё же от имени Иуда через народную форму Юдона.