Фамилия Юдохина хранит в основе женское имя, что сразу выдает её «материнский» тип образования. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Юдоха, которая является производной формой от крестильного имени Иуда. В народном быту это имя, несмотря на библейский контекст, не было редкостью, и от него возникли уменьшительно-ласкательные варианты: Юдка, Юдок, Юдоха.

Словообразовательная модель проста: к основе Юдох- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально фамилия означала «жена Юдохи» или «дочь Юдохи», но со временем закрепилась за потомками как родовое прозвище. Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии работает не по «отцовскому» принципу (как в Иванов, Петров), а по «материнскому», что характерно для фамилий, возникших в среде, где женщина могла быть главой семьи или где прозвище давалось по матери.

В ономастических исследованиях, например у Б. Унбегауна, фамилии на -ин от женских имён считаются более редкими, чем от мужских. Юдохина — яркий пример такого «матримониального» следа. Само имя Юдоха могло быть не только производным от Иуды, но и диалектным вариантом имени Юда (от Юдифь), что добавляет версии о происхождении из среды старообрядцев или крестьян центральной России, где такие формы были в ходу.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это указывает на её исконно русское, недворянское происхождение — предки Юдохиных были, скорее всего, крестьянами или мещанами, а фамилия закрепилась в XIX веке при переписях населения. Редкость фамилии делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни: она не размыта в массовых Ивановых и Петровых, а ведёт к конкретному прозвищу, которое когда-то дали женщине по имени Юдоха.