Основой фамилии Юдохин послужило имя Юдоха. Имя Юдоха представляет собой уменьшительную форму христианского имени Иуда, которое в переводе с иврита означает «восхваляющий Бога». Варианты Юда, Юдка, Юдоха и другие однокоренные формы типичны для украинцев. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юдоха, со временем получил фамилию Юдохин.