Фамилия Заебоквакшин — редкий образец того, как диалектная лексика и народная ирония закрепились в официальном родовом имени. Вопреки ожиданиям, её основа не связана с обсценной лексикой: «заебок» в северных и сибирских говорах означало «задира», «забияка», «человек, который лезет в драку» (от глагола «заебаться» — в значении «задираться», «приставать», без матерного оттенка). Вторая часть — «вакша» — древнерусское слово, сохранившееся в архангельских и вологодских говорах: так называли неуклюжего, неповоротливого человека, иногда — медведя-шатуна. Таким образом, прозвище Заебоквакша могло получить или драчун, который при этом был неповоротлив, или человек, который одновременно и задирался, и делал это неуклюже, комично.

Модель образования фамилии — типичная для русских фамилий на -ин, которые шли от основ на -а/-я. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Заебоквакшин», то есть сын или потомок Заебоквакши. Фамилия явно крестьянского происхождения, из среды, где прозвища были прозрачными и часто насмешливыми. Вероятный ареал бытования — Русский Север (Архангельская, Вологодская области) или Сибирь, куда переселенцы принесли свои говоры. В центральных и южных регионах такое сочетание корней маловероятно.

Встречающиеся в интернете попытки связать фамилию с тюркскими корнями (например, от «заев» — «масло» и «бакша» — «смотритель») лингвистически неубедительны: словообразовательная цепочка «заебок-вакш-ин» чётко вписывается в славянскую модель, а тюркские версии не объясняют ни суффикса -ин, ни типично русского окончания. Фамилия — живое свидетельство того, что в русских говорах сохранялись слова, которые литературный язык отбросил или переосмыслил, и что прозвище могло быть не обидным, а скорее шутливым, описательным.

Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она практически не встречается, что говорит о локальном бытовании. Современные носители могут столкнуться с непониманием из-за созвучия с матерной лексикой, но этимологически их предки — не сквернословы, а люди, говорившие на диалекте, где «заебок» значил всего лишь «забияка», а «вакша» — «увалень».