Фамилия Заина на первый взгляд кажется простой, но её происхождение неочевидно. В русской ономастике фамилии с окончанием на -а, как правило, имеют либо украинские, либо белорусские корни, либо являются русифицированной формой иноязычной фамилии. Однако в случае с Заиной ключ к разгадке лежит не в суффиксе, а в самой основе.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Зая. В старину так могли называть застенчивого, пугливого человека или, напротив, того, кто отличался быстротой и ловкостью — как заяц. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Заин, то есть сын Заи. Со временем форма Заин в бытовой речи могла перейти в Заина, особенно если носительницей фамилии стала женщина, а затем форма закрепилась как неизменяемая. В пользу этой версии говорит распространённость прозвищного имени Зая в русских говорах, от которого образованы и другие фамилии, например, Зайкин или Зайцев.

Вторая, менее очевидная, но возможная версия — связь с древним нецерковным именем Заин. В документах XV–XVII веков встречаются упоминания людей с таким именем, например, крестьянин Заин в новгородских писцовых книгах. В этом случае фамилия — отчество прямой формы, без дополнительного суффикса: имя Заин стало фамилией. Такая модель редка, но встречается в северных и сибирских регионах, где фамилии часто застывали в форме имени отца.

Географически фамилия Заина не привязана к одной местности, но чаще встречается на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение от «зая» — в этих регионах слово было особенно употребительно. Встречаются также единичные случаи, когда фамилию могли принести переселенцы из тюркских народов, где Заин — вариант имени Закир или местный топоним (город Заинск в Татарстане), но это скорее исключение, чем правило.

Таким образом, предки современного носителя фамилии Заина с большой долей вероятности получили прозвище от своего характера или поведения — застенчивый, быстрый или юркий человек. Сословная принадлежность могла быть любой: от крестьянина до посадского человека, но в документах эта фамилия не встречается среди дворянских родов, что указывает на её народные, крестьянские корни.