Фамилия Закипнев — редкий случай, когда географическая привязка выглядит убедительнее психологической характеристики. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Закипень, которое означало «живущий за Кипенем». Кипень — деревня в Ломоносовском районе Ленинградской области, стоящая на реке Кипенке, берущей начало в Долине родников. Название деревни идёт от старого слова «кипень» — ключ, бьющий под сильным напором. Прозвище Закипень могли дать человеку, чей дом стоял на окраине, «за» этим селением. Такая модель образования фамилий от географических ориентиров (за + название) встречается, но редко: обычно фамилии строятся от названия местности напрямую.

Есть и вторая версия — от глагола «закипать». Здесь два возможных смысла: либо предка отличала вспыльчивость, либо его работа была связана с варкой, кипячением — например, он был поваром. Такие профессиональные прозвища по действию тоже давали, но в случае с Закипневым топонимическое объяснение выглядит надёжнее: слишком конкретно звучит основа «Кипень» как имя собственное, а не просто действие. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Закипнев — буквально «сын Закипня» (в родительном падеже от Закипень). Фамилия явно поздняя, скорее всего, оформилась в XIX веке, когда закрепились патронимические формы. Других версий, например, от тюркских корней или календарного имени, для этой фамилии нет — основа чисто русская, диалектная.