Фамилия Заколодкина восходит к прозвищу Заколода. В его основе — существительное «колода» с предлогом «за». Слово «колода» многозначно, и каждое из значений могло дать начало прозвищу. Первое и прямое — «лежачее толстое дерево, бревно». В этом случае Заколодой называли человека, который ходил за колодами в лес, чтобы потом сделать из неё какую-нибудь вещь, например корыто. Но есть и другая, менее очевидная версия: «колода» — это кружка для сбора подаяний, и тогда Заколода — тот, кто просит милостыню, нищий.

Прозвище Колода мог получить и узник, носивший колодки на ногах. Такое прозвище часто давали неуклюжему, неповоротливому человеку. Не исключено, что прозвище связано с глаголом «колодить» — упрямиться, настаивать на своём. Так что потомок человека, обладающего прозвищем Колода, со временем получил фамилию Заколодкина.

Фамилия образована по редкой для русского ономастикона модели: основа Заколод- плюс суффикс -к- (указывающий на принадлежность) и окончание -ин. Обычно суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, но здесь перед нами случай, когда прозвище на -а (Заколода) дало форму Заколодкин, а не Заколодин. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть не напрямую от прозвища, а от его уменьшительной или обиходной формы — Заколодка. Такая модель характерна для северных и центральных регионов России, где прозвища часто «ужимали» до более краткого звучания.