Фамилия Залакян почти наверняка армянского происхождения, что видно по типичному окончанию -ян, которое в армянском языке означает принадлежность или происхождение («из рода такого-то»). В русской среде это окончание часто адаптировали, оставляя без изменений или изредка заменяя на -ов, но Залакян сохранила исходную форму. Основа фамилии — личное имя или прозвище Залак (Zalak).

Корень здесь спорный, и этимологи предлагают несколько версий. Самая вероятная связывает Залак с армянским словом «зал» (զալ) — «гнев», «ярость», или с его производными. В таком случае Залак могло быть прозвищем вспыльчивого или сурового человека. Менее распространённая версия возводит основу к тюркскому «залак» или «залык» (в диалектах — «искривлённый», «кривой»), что могло указывать на физическую особенность предка. В армянской ономастике такие заимствования из соседних языков не редкость, особенно в регионах, где армяне веками жили рядом с тюркскими народами.

Суффикс -ян указывает, что фамилия оформилась относительно поздно, в основном в XIX веке, когда армянские фамилии стали массово фиксироваться в документах Российской империи. До этого человека могли называть просто по имени с добавлением отчества или прозвища. Географически Залакян встречается среди армян, переселившихся из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун) и из Нагорного Карабаха, хотя точную привязку к одному селу или городу установить сложно — фамилия не слишком распространённая.

Что интересно: в отличие от многих армянских фамилий на -ян, которые образованы от христианских имён (Григорян, Петросян), Залакян стоит особняком. Она не связана с церковным календарём, а берёт начало из бытового прозвища или светского имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был священником или именитым горожанином, а получил прозвание в своей общине за характер или внешность. Встречаются также редкие варианты написания — Залакьян, Залакянц (последний — с диалектным окончанием, свойственным западным армянам), но основной вариант остаётся самым частым.