Фамилия Зальмунин — редкий пример фамилии, образованной не от славянского корня, а от немецкой или еврейской фамилии Зальмун (Salmund, Salman). В русской среде она получила типичный фамильный суффикс -ин, который в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Зальмунин, то есть потомок или человек из семьи Зальмуна. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а, -я или к мягким согласным, что здесь и произошло: исходная фамилия Зальмун дала форму Зальмунин.

Основа фамилии восходит к немецкому личному имени Salomon (Соломон), которое в разговорной речи и в еврейской традиции часто сокращалось до Salman, Zalman. В немецких землях и среди ашкеназских евреев фамилия Зальмун (Salmund, Salman) фиксируется с XVII–XVIII веков. В России носители такой фамилии могли появиться в результате миграции немецких колонистов или еврейских переселенцев в XVIII–XIX веках, особенно в южных губерниях и на Волыни. При переходе в русскую среду фамилия русифицировалась: к основе добавили окончание -ин, а само написание адаптировали к кириллице.

Версия о происхождении от славянского имени Зальма или от прозвища «зальма» (что маловероятно) не находит подтверждения в словарях русских фамилий — ни у Унбегауна, ни у Никонова подобных корней нет. Если бы фамилия была славянской, она скорее имела бы суффикс -ов или -ев, а не -ин, и основу, понятную без перевода. Таким образом, Зальмунин — это фамилия-маркер: она прямо указывает на то, что предок носителя носил фамилию или прозвище Зальмун, связанное с библейским именем Соломон, и жил в среде, где немецкий или идиш были родными.

Географически фамилия встречается крайне редко. В современных базах данных (например, в открытых списках телефонов или архивах ЗАГС) носители Зальмунин зафиксированы в основном на юге России и в Украине — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Беларуси. Это подтверждает гипотезу о миграционном происхождении: фамилия не прижилась в центральных и северных губерниях, где преобладали славянские модели. Сословно предки могли быть мещанами или ремесленниками, так как фамилии с суффиксом -ин от немецких корней часто давали людям, не принадлежавшим к дворянству или духовенству.