Фамилия Залунин нечастая, но у неё есть как минимум две версии происхождения, и обе ведут к прозвищу или имени Залуня. Первая версия связывает это прозвище с диалектным глаголом «лунуть», который в новгородских и сибирских говорах означал «выстрелить, хлопнуть». Если отталкиваться от этого корня, то Залуней могли прозвать охотника или ремесленника — человека, который в работе постоянно выколачивал что-то, хлопал по чему-то, издавал громкие звуки. Вторая версия, хотя и менее вероятная, выводит основу из мирского имени Залуня, которое восходит к слову «залуница» (или «злуница»). В старину так называли лихорадку и вообще любую болезнь, сопровождающуюся жаром. Имя с таким значением давали ребёнку как оберег: считалось, что если назвать сына Залуней, злая сила и болезнь обойдут его стороной, а мальчик вырастет здоровым и красивым. В обеих версиях суффикс -ин указывает на принадлежность: Залунин — это «сын Залуни». В Книге памяти Республики Саха (Якутия) сохранилась запись о Залунине Сергее Васильевиче, родившемся в 1901 году в Москве. Эта запись показывает, что фамилия была известна и в центральной России, и далеко за Уралом, что косвенно подтверждает её связь с северными и сибирскими говорами, где глагол «лунуть» был в ходу.