Фамилия Залунина, скорее всего, образована от прозвища Залуня. Слово «лунуть» в новгородских и сибирских говорах означало «выстрелить, хлопнуть». Поэтому прозвище Залуня мог получить охотник или ремесленник, который в работе выколачивал что-либо или хлопал по чему-либо. Обычно такие прозвища закреплялись за человеком по роду занятий или характерному действию.

Есть и другая, менее вероятная версия. В основе может лежать мирское имя Залуня, которое восходит к слову «залуница» (или «злуница»). В старину так называли лихорадку и любую болезнь с жаром. Славяне нередко давали детям «плохие» имена как оберег: надеясь вырастить здорового сына, родители могли назвать его Залуней. Считалось, что такое имя отведет от ребенка настоящую болезнь.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Залунин — это «сын Залуни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а или -я.

Сведения о носителях фамилии сохранились в архивных документах. В Книге памяти Республики Саха (Якутия) записан Залунин Сергей Васильевич, родившийся в 1901 году в Москве. Эта запись подтверждает, что фамилия была распространена не только в северных говорах, где встречался глагол «лунуть», но и в центральных регионах России.