Фамилия Залтанов — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или арабская, но оформлена по русской модели. Суффикс -ов указывает на типичное патронимическое происхождение: «чей?» — Залтанов, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Залтан.

Самая правдоподобная версия возводит основу к тюркскому или арабскому имени Залтан (или Залтан-бек). В тюркских языках «залтан» может быть вариантом слова «салтан» (султан) с характерным переходом «с» в «з» в некоторых диалектах. Имя Султан широко бытовало у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии, часто в составе двусоставных имён (Султанбек, Султанмурат). Соответственно, Залтанов — это русифицированная форма отчества от имени Залтан, которое, в свою очередь, является диалектным или сокращённым вариантом Султана. Значение — «властитель», «правитель», что в крестьянской среде могло быть не столько претензией на власть, сколько пожелательным именем-оберегом.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с географическим названием. В некоторых регионах Поволжья и Приуралья существуют топонимы с корнем «залт-» (например, Залта — река или урочище). В этом случае Залтанов — тот, кто родом из такого места. Но отсутствие широко известных крупных населённых пунктов с таким названием делает эту гипотезу слабой.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «з» в начале. Встречается вариант «Салтанов» — он более распространён и прямо восходит к имени Султан. Форма с «з» — более редкая, диалектная или результат записи на слух при русификации. В метрических книгах XIX века в татарских и башкирских селениях Уфимской и Оренбургской губерний можно найти записи, где одну и ту же фамилию писали то как Салтанов, то как Залтанов, в зависимости от говорения писаря.

Таким образом, предок современных Залтановых с высокой долей вероятности был тюркоязычным (татарин, башкир, ногаец) и носил имя Залтан — местный вариант имени Султан. Фамилия закрепилась после крещения или в процессе учёта населения в XVIII–XIX веках, когда инородцам массово присваивали русские фамилии по отцу.