Фамилия Заматорина — редкий случай, когда прозвище образовано от глагола, описывающего не действие, а состояние. В основе лежит глагол «заматореть», что значит «устареть, закоснеть» или «пробыть долго в одном положении, оставаться в нем». Человек, получивший прозвище Заматора, видимо, не любил менять старых привычек, упорно держался за раз заведенный порядок — отсюда и характеристика.

Менее убедительная, но тоже возможная версия связывает фамилию с глаголом «замоторить» — «затащить, затерять, запропастить». Если принять эту гипотезу, прозвище указывало бы на рассеянность, невнимательность предка. Однако фонетически «замоторить» и «заматореть» различаются корневой гласной, и первая версия выглядит правдоподобнее: диалектное «а» вместо «о» в глаголе «заматореть» встречается в северных и сибирских говорах.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Заматор- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я: Заматора → Заматорин. Женская форма Заматорина — это грамматическая норма, а не отдельная фамилия.

По суффиксу и типу образования фамилия Заматорина — типично крестьянская, северорусская или сибирская. В центральных и южных губерниях чаще использовали суффикс -ов/-ев, а -ин характерен для земель, где было сильно новгородское влияние. Встретить Заматориных можно в документах по Вологодской, Архангельской областям и Пермскому краю — именно там бытовал глагол «заматореть» в значении «закоснеть, застояться».

Среди однокоренных фамилий — Заматорин (мужская форма), Заматоров (с другим суффиксом), а также устаревшие прозвищные формы вроде Заматора. Все они восходят к одному корню, но суффикс -ин в Заматориной точнее указывает на прямую родственную связь: «сын Заматоры».