Фамилия Замятнина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной и нередко воспринимается как исходная. На деле перед нами типичная «матчество»: фамилия образована от женского имени Замятня. В старых русских семьях, особенно в крестьянской среде, ребёнка могли записать по матери, если отец умер или ушёл на долгую службу, а мать оставалась главой дома. Но чаще Замятня — не имя, а прозвище.

Корень здесь — «замятня» (или «замятия»), что в древнерусском языке означало «смута», «суматоха», «беспорядок». Сравните с глаголом «замять» — запутать, смешать. Прозвище Замятня могли дать человеку беспокойному, суетливому, либо тому, кто постоянно оказывался в центре переполоха. В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского упоминается несколько Замятней — например, Замятня Семёнович, московский боярин XV века. То есть прозвище бытовало не только в простонародье, но и в служилых кругах.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Замятнина — «дочь (или вдова) Замятни». Со временем фамилия утратила связь с полом и стала передаваться по наследству, как любая другая. Встречается она в основном в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Ярославской губерниях, где «замятня» как слово дольше держалось в диалектах.

Любопытно, что фамилия не получила распространения в дворянской среде — её носители почти всегда были крестьянами или посадскими людьми. Не путайте с фамилией Замятины: у той основа мужская (Замятя), а у Замятниной — женская, что делает её более редкой и локальной. В современных телефонных справочниках Замятниных насчитывается не более нескольких сотен по всей России.