Фамилия Заочная — редкая и неочевидная по происхождению. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, она имеет модель, характерную для искусственных книжных фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях. Суффикс -ая указывает на форму полного прилагательного женского рода, но в русской традиции фамилии в такой форме (Заочная, Заочный) нередко закреплялись за мужчиной и передавались по наследству без изменения склонения.

Основа фамилии — слово «заочный». В современном языке оно означает «происходящий без личного присутствия» (заочное обучение, заочное голосование), но в XVIII–XIX веках у него было другое, более прямое значение: «находящийся за оком», то есть за глазом, за пределами видимости. В семинарской среде было принято давать фамилии по латинским или греческим корням, а также по русским словам с отвлечённым, метафорическим смыслом. Так появились фамилии Скромнов, Благонравов, Миловидов — и, вероятно, Заочный. Она могла означать человека, который учится или служит «за глаза», то есть отсутствуя, или же быть намёком на что-то скрытое, невидимое.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища, связанного с местностью. В говорах «заочный» иногда употребляли в значении «находящийся за рекой Окой» — по аналогии с «заокский». Однако это толкование слабое: для такого значения скорее использовали бы форму Заокский, а не Заочный. К тому же географическая привязка к Оке не подтверждается массовым бытованием фамилии именно в тех регионах.

Фамилия Заочная — почти наверняка искусственного происхождения. Её носители в прошлом, скорее всего, были выходцами из духовного сословия: дети священников, дьяконов или причетников, получившие фамилию при поступлении в семинарию. Встречается она крайне редко, в основном в центральной России. Поиск по архивам показывает единичные случаи в Тверской и Московской губерниях. Среди известных людей с такой фамилией нет, что только подтверждает её элитарно-книжный, а не крестьянский или дворянский характер.