Фамилия Запитерский — это прозвище, превратившееся в фамилию. В основе лежит географическая привязка: «за Питером», то есть за Санкт-Петербургом. Такие прозвища давали человеку, который жил на окраине города, за его чертой, или происходил из тех мест, которые в народе называли «запитерскими». Суффикс -ский указывает на типичную модель образования фамилий от географических названий, особенно распространённую в среде духовенства и дворянства, хотя в данном случае прозвище могло возникнуть и в крестьянской, и в мещанской среде — как бытовое указание на место жительства.

Сам топоним «Питер» — народное, сокращённое название Санкт-Петербурга, города, основанного Петром I в 1703 году. Император заложил Петропавловскую крепость на Заячьем острове, и город с самого начала задумывался как стратегический порт и «окно в Европу». На месте будущей столицы до её основания существовали поселения Автово, Купчино, Стрельна, а также шведский город Ниен с крепостью Ниеншанц. Пётр I посвятил новый город своему небесному покровителю — апостолу Петру.

Прозвище Запитерский могло закрепиться за человеком, чей дом или земельный надел находился за пределами быстро растущего города, возможно, в одной из пригородных слобод или деревень. В отличие от многих фамилий, образованных от названий городов (Питерский, Петербургский), форма Запитерский несёт дополнительный пространственный оттенок: она не просто указывает на связь с городом, а подчёркивает положение «по ту сторону», на периферии. Со временем прозвище утратило описательный смысл и закрепилось как наследственная фамилия.