Фамилия Заустинская — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. Её основа — топоним, а не личное имя или профессия.

Фамилию образовали от названия населённого пункта с помощью типичного для польско-белорусской и украинской традиции суффикса -ск-/-цк- (женская форма — Заустинская). В мужском варианте это Заустинский. Такие фамилии в XVI–XVII веках носили в основном шляхта и духовенство, но позже они широко распространились среди крестьян и мещан, особенно на землях бывшей Речи Посполитой.

Корень «Заустин-» указывает на место «за Устином» (или «за Устьем»). Вероятнее всего, речь о деревне, селе или урочище с названием Устин, Устье или Устиново. В Беларуси и на западе России есть несколько топонимов с корнем «уст-» (от «устье реки»), а также поселения Устин и Устиновка. Приставка «за-» в славянской топонимике означает «находящийся за»: человек, живший за селом Устин, получал прозвище Заустинский, которое затем закрепилось за его потомками.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Зауста — человека, который «за уста» (то есть за слова, за язык) получил какую-то характеристику, но для образования фамилии на -ский это нетипично. Скорее всего, первый носитель фамилии был выходцем из конкретного места, и фамилия отвечала на вопрос «откуда?».

Фамилия Заустинская почти не встречается в современных городских базах — это редкий, локальный антропоним. Её носители, скорее всего, происходят из западных регионов России (Псковская, Смоленская области) или восточной Беларуси, где топонимы с приставкой «за-» особенно часты. В XIX веке такие фамилии часто фиксировали у крестьян после отмены крепостного права, когда целым семьям присваивали название деревни как фамилию.