Фамилия Зайганов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Главная загадка здесь — корень «зайган». В русских говорах такого слова нет, что сразу указывает на заимствованную основу. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или монгольского происхождения, адаптированная русским суффиксом -ов.

Самый вероятный источник — тюркское слово «зайган» (или «зайкан»), означающее «заика», «тот, кто говорит с запинкой». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) подобные прозвища по физическому недостатку давали без уничижительного оттенка — скорее как отличительную примету. Прозвище Зайган мог получить человек с особенностью речи, а его потомки стали Зайгановыми. В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -ов от тюркских прозвищ — обычное дело в Поволжье и Приуралье.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с монгольским «заяган» — «судьба», «предопределение». В бурятской и калмыцкой среде имена и прозвища от этого корня встречаются, но в русской фамилии они дали бы скорее Заяганов. Написание через «й» ближе к тюркской фонетике.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в русской среде, скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии по отцу. То есть предок носителя фамилии был известен как Зайган, а его сын стал Зайгановым.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается и у казанских татар, и у мишарей. Социальный состав — в основном крестьяне и мещане, в дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Таким образом, Зайганов — это «сын Зайгана», где Зайган, вероятнее всего, тюркское прозвище заики. Фамилия хранит в себе память о диалектном слове, которое в современном языке уже почти не употребляется.