Фамилия Зайганова — и по звучанию, и по структуре — почти наверняка тюркского происхождения. Её основа «Зайган» восходит к личному имени или прозвищу, которое было распространено у татар, башкир и других тюркских народов. В этих языках слово «зай» (или «зайы») означает «победитель», «превосходящий», а аффикс «-ган» — причастие прошедшего времени, то есть «тот, кто победил», «одержавший верх». Таким образом, Зайган — это «победитель», имя-пожелание силы и успеха.

Модель образования фамилии указывает на её позднее оформление. Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») — стандартный русский патронимический суффикс, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским именам при переходе к фамилиям. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, либо его родовая ветвь жила в смешанной русско-тюркской среде, где фамилии русифицировали по указу или по обычаю. Сама фамилия фиксируется преимущественно в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях.

Менее вероятна, но возможна версия, что «Зайган» — это искажённое диалектное прозвище от русского слова «зайка» или «заяц» (ср. фамилии Зайцев, Зайкин). Однако в этом случае ожидалась бы форма «Зайканов» или «Зайкин», а не «Зайганов». Тюркская этимология убедительнее ещё и потому, что в русских говорах нет суффикса «-ган» в прозвищах, а в тюркских он обычен.

Встречаются и единичные случаи, когда фамилию записывали как «Зайганова» при переписи, хотя в быту могли произносить «Зайган» без окончания. По сословию предки могли быть государственными крестьянами, ясачными (платившими дань пушниной) или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Итог: фамилия Зайганова — это осевшая в русской письменности память о тюркском имени «Победитель», которое дали предку в надежде на его удачу и силу.