Она образована от мусульманского мужского имени Зайнуддин, которое в переводе с арабского означает «украшение веры». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Зайнутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.