Фамилия Зайтенов образована от личного имени Зайтен, и здесь есть две основных версии происхождения, обе уходят корнями в арабский язык и мусульманскую культуру. Первая и наиболее вероятная: Зайтен — это диалектный, упрощённый вариант древнетюркского имени Саитдин или Сайдетдин. В арабском оригинале это имя означает «религиозный лидер», и родители, называя сына Зайтеном, желали ему стать достойным, праведным мусульманином. Вторая версия связывает имя Зайтен с именем Зайтун, что в переводе с арабского — «оливковое дерево», «вечнозелёное дерево». В исламской традиции оливковое дерево почитается как символ жизни, благословения и долголетия; называя ребёнка таким именем, ему желали процветания и долгой жизни.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: к основе Зайтен добавлен типичный русский патронимический суффикс -ов. Такая модель в XVI–XIX веках закрепилась у многих народов Российской империи, принявших православие или тесно контактировавших с русской административной системой. Фамилии с суффиксом -ов буквально означают «чей?» — то есть «сын Зайтена» или «потомок Зайтена». Таким образом, Зайтеновы — это род, ведущий начало от человека по имени Зайтен.

Обе версии (от Саитдина и от Зайтуна) имеют право на существование, но первая — через религиозный титул — выглядит убедительнее: диалектная редукция «Саитдин» → «Зайтен» фонетически закономерна для тюркских языков, где начальный согласный часто выпадает или смягчается. Вторая версия (от «оливкового дерева») менее распространена, но не исключена, особенно в регионах, где арабские имена бытовали в устной, неканонической форме.

Фамилия редкая, в массовых справочниках не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в среде тюркских народов Поволжья, Приуралья или Центральной Азии. Точных сведений о сословной принадлежности или географии расселения Зайтеновых нет, но по модели образования и основе можно предположить, что предки носителя фамилии были мусульманами, возможно, из татар, башкир или казахов, и получили фамилию в ходе переписи или при переходе в русское подданство.