Фамилия Зеденина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я. В основе лежит мужская форма Зеденин, а женская Зеденина закрепилась как фамилия в результате передачи по женской линии (жена или дочь Зеденина). Ключ к разгадке — корень «Зеден-», который сразу выбивается из ряда привычных славянских основ.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «зедень». В говорах Русского Севера, особенно в архангельских и вологодских краях, так называли невысокого, щуплого человека, а также нечто мелкое, незначительное. Прозвище Зедень мог получить низкорослый мужчина, и его потомки стали Зедениными. Альтернативное значение того же слова — «зазубрина» или «зарубка», что могло относиться к человеку с неровным, занозистым характером или к ремесленнику, работавшему с деревом.

Менее вероятна, но теоретически возможна связь с тюркскими языками, где корень «зед» (zād) означает «рождённый», «дитя». Однако при таком заимствовании фамилия обычно приобретала бы иной суффикс (например, -ов) или сохраняла более характерные восточные окончания. В русской ономастике фамилия Зеденин не фигурирует в списках дворянских или старых московских родов — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в северных губерниях.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зеденина, то есть «дочь или жена Зеденина». Со временем форма на -а закрепилась как фамилия, что встречается реже, чем мужской вариант, но вполне нормативно для русского языка (сравните: Дружинина, Князева). Географически фамилия встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть там, где слово «зедень» было в ходу.

Таким образом, предок носителей фамилии Зеденина, скорее всего, был невысоким северным крестьянином или ремесленником, которого прозвали Зедень. Фамилия сохранила эту бытовую, живую характеристику, избежав книжных и церковных влияний.