Оно образовано от средненемецкого нарицательного sē со значением «озеро». Компонент –ер является немецким суффиксом принадлежности и часто используется при образовании фамилии. Так могли назвать того, чьи дом или селение располагались у озера. Возможно также, что фамилия Зеер имеет ашкеназские корни и происходит от аналогичного прозвища. Оно восходит к немецкому существительному Seher со значением «провидец». Можно предположить, что Зеером назвали прозорливого и проницательного человека. Так, в документах упоминаются Август Августович Зеер, родившийся в 1887 году, Август Данилович Зеер, родившийся в 1913 году, Александр Августович Зеер, родившийся в 1927 году. Среди известных однофамильцев можно назвать российского ученого Эвальда Фридриховича Зеера.