Фамилия Зегнун настолько редкая, что в привычных справочниках русских фамилий она не встречается. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а армянское, и это сразу определяет угол, под которым стоит на неё смотреть.

В основе фамилии лежит армянское имя или прозвище Зегнун. В армянском языке есть слово «зег» (զէգ), означающее «пара» или «четверг» (по счёту дней недели), но в данном случае более вероятна связь с корнем «зег» в значении «терпеливый», «выносливый» или «упорный». Суффикс -ун (-ուն) в армянском языке часто образует прилагательные со значением обладания качеством: «тот, кто обладает свойством». Таким образом, Зегнун можно перевести как «терпеливый» или «настойчивый» — прозвище, которое дали человеку с устойчивым, спокойным характером.

В русском контексте фамилия Зегнун почти наверняка закрепилась в документах в неизменном виде, без типичных русских суффиксов (-ов, -ян, -ич). Это характерно для поздних фиксаций фамилий в советское время, когда национальные окончания перестали русифицировать. Искать географию фамилии стоит в местах компактного проживания армянской диаспоры — на юге России (Краснодарский край, Ставрополье, Ростовская область) или в Армении.

Носители фамилии Зегнун, судя по корню, происходят от предка, которого в общине знали как человека терпеливого, несуетливого, возможно — мастера, требующего усидчивости. В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов) или отцовских имён (Петров), эта фамилия — прямая характеристика личности, что делает её более редкой и личной.