Фамилия Зелипука — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит в первую очередь посмотреть на окончание: -ука. В русской ономастике суффикс -ук (-юк) характерен для украинских и белорусских фамилий, он указывает на принадлежность к роду, часто по имени отца: Иванук, Петрук. Форма Зелипука — это, скорее всего, украинский или западнорусский вариант, где конечное -а могло закрепиться в письменной речи или в бытовом произношении.

Основа фамилии — Зелип- — вызывает вопросы. Самый вероятный путь: это искажённое или диалектное прозвище, связанное с глаголом «зелить» (красить в зелёный цвет, делать зелёным) или с прилагательным «зелёный». В говорах могла существовать форма «зелипуга» — так называли человека, который пачкается в зелёнке, красит что-то, либо, в переносном смысле, неопытного, «зелёного» юнца. Суффикс -пук-/-пуг- в прозвищах встречается редко, но он мог возникнуть из-за сращения корня с другим словом или под влиянием местного произношения.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с растением «зелипук» или «зелипуга». В некоторых русских диалектах так могли называть какой-то вид травы или сорняка, а прозвище давали человеку, который живёт у зарослей или занимается сбором трав. Однако в доступных словарях такое слово не зафиксировано, что делает эту гипотезу шаткой.

Географически фамилия Зелипука тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современной Украине или Беларуси. Встречается она крайне редко, и в дореволюционных списках её почти нет. Это значит, что носители фамилии происходят, скорее всего, из одного локального рода, который не получил широкого распространения из-за малочисленности или миграций.

Словообразовательная модель проста: прозвище Зелипука (или Зелипук) со временем застыло в форме фамилии без дополнительных суффиксов, что характерно для украинской традиции (ср. Сосюра, Ляшко). Иными словами, предок Зелипука получил прозвище по внешнему признаку или занятию, а его дети и внуки просто унаследовали это прозвище как фамилию.