Фамилия Зилипука — редкая, и в её основе, скорее всего, лежит не славянский, а балтийский или, что вероятнее, финно-угорский корень. Написание с окончанием -ука сразу наводит на мысль о западноукраинских или белорусских фамилиях, но в данном случае это, возможно, адаптация другого звучания.

Первый и самый правдоподобный вариант — происхождение от прозвища, связанного с латышским или литовским словом, означающим «синий» или «голубой» (лит. žilas — седой, žydras — голубой; латыш. zils — синий). В таком случае Зилипука могло быть прозвищем человека с очень светлыми, «выцветшими» глазами или седыми волосами. Суффикс -ука/-юка в балтийских фамилиях часто указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму (как в литовских фамилиях на -ukas). Тогда «Зилипука» — это «голубчик» или «синеглазка», но в грубоватой, деревенской манере.

Вторая гипотеза отсылает к финно-угорским языкам (эстонскому, карельскому, вепсскому). Слово «sili» в некоторых диалектах означает «ёж», а «pukki» — «козёл» или «баран». Однако такое сочетание «ёж-козёл» маловероятно для прозвища. Более реалистично, что фамилия — это искажённое прибалтийско-финское слово, связанное с местом жительства (от гидронима или названия хутора). В Эстонии есть топонимы вроде Sillapää, Sillamäe, но до «Зилипуки» далеко.

Третий, самый простой вариант — фамилия могла возникнуть как русификация польской или белорусской фамилии Zylipuka (от польск. «żyły» — жилы, вены, или «żyła» — скупец). Но такое написание с «Зи-» вместо «Жи-» встречается редко и, скорее всего, является следствием ошибки писаря при записи.

Скорее всего, фамилия Зилипука — это бытовое прозвище, данное человеку с яркой внешностью (светлые глаза или волосы) на территории современной Латвии или Литвы, которое затем перешло в русские метрические книги без изменений. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьян западных губерний Российской империи, где смешивались балтийские, славянские и финские языковые элементы.