Фамилия Зилипукин — один из тех случаев, когда внешняя форма обманчива. На первый взгляд она кажется образованной от забавного прозвища, но на деле её корни уходят в диалектную лексику северных и сибирских говоров. В основе лежит слово «зилипук» — в архангельских и вологодских говорах так называли маленького, щуплого человека, слабого или болезненного ребёнка. Слово это, скорее всего, родственно диалектному «зилипун» (нечто мелкое, невзрачное) и восходит к звукоподражательному «зиль» — тонкому, писклявому звуку. Таким образом, первый Зилипукин — это не «человек из Зилипукино», а «сын Зилипука», то есть потомок человека, которого в деревне прозвали за малорослость или хрупкое телосложение.

Морфологически фамилия прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Зилипукин). Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я, -о. Интересно, что суффикс -ин здесь стоит не после отчества (как в Иванов), а после прозвищной основы, что характерно для фамилий, возникших в крестьянской среде Русского Севера и Сибири — именно там чаще всего давали прозвища по внешним признакам.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным современных телефонных справочников и баз переписей, большинство Зилипукиных живёт в Пермском крае, Кировской области и Удмуртии. Это подтверждает версию о севернорусском происхождении: именно из этих регионов в XVII–XVIII веках шла колонизация Урала и Прикамья. Встречается также вариант Зилепукин — с «е» в первом слоге, что может быть следствием акающего произношения или диалектного чередования.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или — реже — однодворческой. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в старых боярских списках. Это «народная» фамилия, возникшая не раньше конца XVII века, когда у крестьян начали массово появляться наследственные прозвища. В переписных книгах XVIII века, например по Вятской губернии, можно найти отдельные упоминания крестьян с прозвищем Зилипук, но систематического учёта не сохранилось.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зилин, Зильберг, Зильберман — показывает, что Зилипукин стоит особняком. Первые две явно еврейского происхождения (от идиш «зильбер» — серебро), третья — немецкая. Зилипукин же чисто русская, диалектная, и её носители, скорее всего, не имеют отношения к этим линиям. Это пример того, как внешнее сходство вводит в заблуждение: корень «зил-» в русских говорах дал совершенно другое значение, чем в заимствованных фамилиях.