Фамилия Зейникенов — один из тех редких примеров, когда русская по форме фамилия с суффиксом -ов скрывает нерусскую, скорее всего тюркскую или арабо-персидскую основу. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза элемент «-кен-», который почти не встречается в славянских прозвищах. Скорее всего, в основе лежит имя Зейникен, а сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе добавили суффикс -ов, означающий «чей?», «сын кого?». То есть Зейникенов — это потомок человека по имени Зейникен.

Само имя Зейникен — составное. Первая часть, «Зейн», восходит к арабскому «зейн» (زين) — «украшение», «красота», «достоинство». Это корень, который дал много имён в мусульманском мире: Зейн, Зинат, Зейнаб. Вторая часть, «-кен», — типичный уменьшительно-ласкательный суффикс в казахском, киргизском, татарском и других тюркских языках (сравните: Айкен, Бекен, Жанкен). Таким образом, Зейникен можно перевести как «милый Зейн», «красавчик» или «украшеньице». Это ласкательная форма личного имени, которую давали ребёнку в семье, где ценили арабскую лексику и тюркскую традицию имяобразования.

Географически фамилия Зейникенов тяготеет к западному Казахстану и прилегающим районам России, особенно к Астраханской и Оренбургской областям. Встречается она среди казахов, отчасти у татар и башкир. Это указывает на социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были кочевниками или полукочевниками, принявшими ислам, но сохранившими родовую память в виде имени. Фамилия могла закрепиться за целым родом или аулом, где имя Зейникен носил основатель или уважаемый старейшина.

Интересная деталь: написание «Зейникенов» (а не, скажем, «Зейникеев» или «Зейникенов») говорит о том, что фамилия фиксировалась в русских метриках или переписях уже в XIX — начале XX века, когда чиновники записывали тюркские имена на слух, стараясь передать все звуки. Вариант с «-ов» окончательно закрепил фамилию в русском родовом укладе, хотя в среде самих носителей она могла звучать и без окончания — просто Зейникен.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Зейнуллин (от Зейнулла — «красота Аллаха») встречается гораздо чаще, но она образована по другой модели — с арабским компонентом «улла». Зейникенов же стоит особняком: это редкий случай, когда тюркский уменьшительный суффикс соединился с арабским корнем, а затем вся конструкция обрусела. Споров о происхождении здесь почти нет — лингвистическая конструкция прозрачна, хотя документальных подтверждений в виде древних грамот, скорее всего, не сохранилось.