Вероятно, оно ведет свое начало от распространенного в брянских говорах глагола «жабунякать» - «болтать, пустословить». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Жабуня отражало особенности характера и поведения основателя фамилии (разговорчивость, словоохотливость, общительность). Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Жабуня лежит не прозвище, а мирское имя Жабуня, восходящее к названию бесхвостого животного – жаба.