Фамилия Жабуня — редкий пример, когда корень слова почти не скрыт, а вот его точное значение остаётся под вопросом. В брянских говорах бытует глагол «жабунякать» — болтать, пустословить. Если прозвище Жабуня пошло от него, то предок был человеком разговорчивым, словоохотливым, возможно, балагуром или тем, кто любил «чесать языком». Такие прозвища по поведению — обычное дело для русской антропонимии, и эта версия выглядит убедительно.

Но есть и другой путь. Жаба — животное известное, и в дохристианской Руси имя Жабуня могло быть мирским, обережным. Его давали ребёнку, чтобы отвести злые силы: считалось, что «плохое» имя (в нашем понимании) сделает носителя незаметным для нечисти. Подобные имена от названий животных (Волк, Медведь, Сорока) — древний пласт славянской ономастики. В пользу этой версии говорит и сам суффикс -ун(я): он характерен для прозвищ и имён, образованных от названий существ (например, Болтун, Говорун — от глаголов, но Воробуня, Козуня — от животных). Так что Жабуня могло быть и ласкательной формой мирского имени Жаба.

Фамилия образована без типичного фамильного суффикса — просто застывшее прозвище или имя в именительном падеже. Такая модель (Жабуня, а не Жабунин или Жабунев) встречается у украинских и южнорусских фамилий, что косвенно указывает на возможное происхождение рода с территории современной Брянской области или соседних регионов, где брянские говоры и украинское влияние пересекаются. Спор двух гипотез — «болтун» или «жабий оберег» — не решается однозначно, но обе не противоречат ни языку, ни быту: и то и другое могло закрепиться за человеком.