Фамилия Жабунина — женская форма, образованная от мужской Жабунин. В основе лежит прозвище или мирское имя Жабуня. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Жабунина буквально означает «дочь или жена Жабуни». Такая модель типична для русских фамилий, особенно в северных и центральных регионах, где -ин так же распространён, как -ов/-ев на юге.

Прямого значения у фамилии нет — его надо искать в корне. Первая версия отталкивается от брянского глагола «жабунякать» — болтать, пустословить. Если это так, то Жабуня — прозвище говорливого, общительного человека. В говорах такие прозвища не несли резко отрицательной окраски, скорее подмечали характерную черту. Вторая версия связывает основу с названием земноводного — жабы. В дохристианской традиции мирские имена, образованные от названий животных, были распространены: родители могли назвать ребёнка Жабуней, веря, что природа примет его как своего и передаст ему свои качества. Жаба в народных представлениях — существо неоднозначное: с одной стороны, связанное с влагой и плодородием, с другой — с нечистой силой, но в именах эта символика чаще работала как оберег.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но прозвищная — от глагола — выглядит чуть убедительнее: глагольные прозвища по поведению встречаются чаще, чем зооморфные имена, которые к XVI–XVII векам уже почти вышли из обихода. Однако полностью исключать «жабью» версию нельзя: в ономастических словарях зафиксированы фамилии Жабин, Жабов, Жабёнков, образованные от того же корня, так что Жабунин может быть их менее частым вариантом.

Фамилия редкая, в списках массовых не значится. Встречается преимущественно в западных областях России — Брянской, Смоленской, отчасти Псковской, что косвенно подтверждает связь с брянскими говорами. В других регионах почти не фиксируется, что говорит о локальном происхождении: род, скорее всего, не разветвлялся широко и оставался в пределах одной местности.