Фамилия Жаковщиков — редкий случай, когда даже её основа неочевидна. Если отбросить суффиксальный «хвост» -щиков, остаётся корень Жаков-. Это не имя, не ремесло и не географическое название в чистом виде. Скорее всего, перед нами пример вторичного образования: фамилию произвели не от прямого прозвища, а от другой фамилии или отчества.

Наиболее правдоподобная версия: Жаковщиков — это «сын Жаковщика». Суффикс -щик в русских фамилиях обычно указывает на профессию (бочар — бондарь, плотинщик — строитель плотин). Но здесь основа — Жаков. Если существовал человек по прозвищу Жак (редкая форма от имени Яков или, реже, от французского Jacques), то его сына или работника могли называть Жаковщик — «тот, кто относится к Жаку». Со временем это прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Суффикс -ов в конце (Жаковщик-ов) — стандартный патронимический показатель, который «пришили» к уже готовому прозвищу, чтобы подчеркнуть принадлежность роду. То есть фамилия прошла двойную обработку: сначала прозвище по отцу (Жаковщик), потом фамилия от этого прозвища.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где суффикс -щик был продуктивен. Встречается она крайне редко — носителей можно пересчитать по пальцам. Это не фамилия дворянского рода или купеческой династии; скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, жившими в небольшой общине, где каждому давали прозвище по старшему в семье.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «прозвище на -щик + -ов» описана, но прямых упоминаний Жаковщикова нет — это говорит о том, что фамилия локальная и не попала в общерусские списки. Если копнуть глубже, можно предположить связь с диалектным словом «жак» — в некоторых говорах так называли скупого или прижимистого человека. Тогда Жаковщик — «человек скупого», но эта версия слабее: прозвища редко образуются от качеств другого человека, а не от его имени. Поэтому версия с именем Яков (Жак) остаётся основной.