Фамилия Жакшыбаев целиком тюркская, причем её корни уходят в киргизскую и казахскую среду. В основе лежит имя Жакшыбай, которое состоит из двух частей: «жакшы» (хороший, добрый, благой) и «бай» (богач, хозяин, господин). В доисламской тюркской традиции имена с компонентом «бай» давали мальчикам с пожеланием богатства и благополучия, а «жакшы» усиливало пожелание — «добрый богач» или «обладатель блага». Это типичное составное личное имя, каких много в антропонимиконе кочевых народов.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилия была адаптирована в документах Российской империи или в советских ЗАГСах. По правилам оформления тюркских фамилий на -бай, -бек, -тай к основе добавляли -ев (а не -ов), потому что конечный звук «й» мягкий. Так Жакшыбай превратился в Жакшыбаев. Встречаются варианты написания с «а» и «ы» — Жакшибаев, Жаксыбаев, что связано с разной передачей киргизского звука «ы» на русский лад.

Географически фамилия распространена в Кыргызстане, Казахстане и среди диаспор в России. В киргизской среде имя Жакшыбай встречается в родоплеменных преданиях, но конкретной привязки к одному племени нет — имя было популярным и нарицательным. Социально носители фамилии в XIX — начале XX века были скотоводами, кочевниками, реже оседлыми земледельцами, так как титул «бай» в степи означал не столько аристократию, сколько зажиточного хозяина скота.

Одна из деталей, которая редко попадает в стандартные описания: в казахском языке слово «жаксы» (вариант «жакшы») со временем приобрело оттенок «хороший, умелый, мастеровой». Поэтому не исключено, что прозвище Жакшыбай могли дать не просто как пожелание, а как характеристику человека — умелого хозяина, на которого можно положиться. Фамилия не дворянская и не княжеская, а народная, отражающая бытовой идеал кочевника: быть добрым и состоятельным.