Фамилия Жаксыбаева, скорее всего, образована от географического названия — реки Джаксы-бай (или Жаксыбай). Эта река берёт начало в горном кряже Акчате, течёт на юго-запад, прорезает озеро Сасык-куль и, не дойдя до реки Урала, теряется в песках. Значит, предок Жаксыбаевых был родом из тех мест — скорее всего, из степей современного Казахстана или приграничных районов России.

Значение самого топонима спорно, и это даёт две версии происхождения фамилии. По первой, название реки восходит к тюркским словам «джаксы» (хороший) и «бай» (богатый) — получается «хороший богач» или «богатая добром». По второй гипотезе, в основе лежит искажённое алтайское «джаксы-бас» — «хорошая, умная голова, советник». Вторая версия менее вероятна, потому что речные названия редко образуются от прозвищ, но полностью исключать её нельзя: наложение значений в устной передаче — обычное дело.

Словообразовательная модель проста: к основе Жаксыбай добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), а затем окончание -а, указывающее на женский род. То есть Жаксыбаева — это форма женского рода от мужской фамилии Жаксыбаев, которая в свою очередь означает «потомок (или сын) человека по имени или прозвищу Жаксыбай». Имя Жаксыбай до сих пор встречается у казахов, киргизов и других тюркских народов, так что фамилия могла возникнуть и прямо от личного имени, минуя реку.

Процесс закрепления фамилии у тюркских народов шёл неравномерно: у оседлых групп — раньше, у кочевых — позже, вплоть до советского времени. Поэтому точно сказать, когда и где именно оформился род Жаксыбаевых, можно только по генеалогическим документам. Но ясно одно: корни фамилии — в тюркской среде, в зоне между Уралом и Алтаем, где вода и имя одинаково ценились как признаки благополучия.