Фамилия Жаксыбаева восходит, вероятно, к названию киргизской реки Джаксы-бай, которая «берет начало в горном кряже Акчате, течет на юго-запад, прорезает озеро Сасык-куль и, не дойдя до реки Урала, теряется в песках». Видимо, предок Жаксыбаевых был родом из этих мест. Значение топонима спорно. По одной из версий, название реки восходит к словам «джаксы» - «хороший» и «бай» - «богатый». Согласно другой гипотезе, в его основе лежит искаженное алтайское «джаксы-бас» - «хорошая, умная голова, советник». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Жаксыбаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.