Фамилия Жанайдаров — яркий пример того, как географическая и этническая принадлежность предков закрепляется в родовом имени. Её основа — казахское мужское имя Жанайдар, которое состоит из двух частей: жан («душа», «человек») и айдар («чуб», «хохолок», «петушиный гребень»). В казахской традиции айдар — это прядь волос, которую оставляли мальчику на макушке, не сбривая; считалось, что она оберегает от злых духов. Таким образом, имя Жанайдар можно перевести как «человек с чубом» или «душа-хохолок» — скорее прозвищное, описательное имя, данное по внешней примете.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Жанайдар прибавлен патронимический суффикс -ов, который в тюркских фамилиях, вошедших в русский обиход, означает «сын такого-то». То есть Жанайдаров буквально — «сын Жанайдара». Окончание -ов, а не -ев, указывает на твёрдый согласный в конце основы (р).

Географически фамилия почти наверняка восходит к Казахстану, особенно к северным и западным регионам, где в XIX — начале XX века активно шёл процесс русификации имён и фамилий при записи в метрические книги или при переписях. Встречается она и у казахов, и у представителей других тюркских народов, но именно казахский корень — основной. Интересно, что имя Айдар (без первой части) само по себе широко распространено, а составная форма Жанайдар встречается реже, что делает фамилию сравнительно немногочисленной, но узнаваемой.

Сословная принадлежность носителей фамилии в прошлом не зафиксирована в общих справочниках, но, скорее всего, это были степные скотоводы или крестьяне. Никакого дворянского или казачьего происхождения за фамилией не числится. В современном русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное мужского рода на -ов.