Фамилия Жанайдар — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими или казахскими корнями. В основе лежит имя или прозвище Жанайдар, которое на казахском языке можно разобрать на две части: «жан» (душа, человек) и «айдар» (петушиный гребень, чуб, хохолок). В буквальном смысле сочетание может означать «человек с чубом» или «душа-хохолок». Однако «айдар» в тюркской традиции — это не просто причёска. Оставлять мальчику чуб (айдар) было распространённым обычаем, который, по поверьям, защищал ребёнка от сглаза и болезней. Прозвище Жанайдар могли дать человеку, который в детстве носил такой чуб, или же взрослому, чем-то напоминавшему обладателя айдара.

Фамилия образована по тюркской модели: имя или прозвище перешло в фамилию без дополнительных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин). Это типично для фамилий, которые зафиксировались в среде казахов, татар, башкир или других народов, где фамилии нередко повторяют личное имя. В русском контексте такая фамилия — явный маркер того, что предок носителя был тюркоязычным мусульманином, а сама фамилия, скорее всего, оформилась в XIX–XX веках при переходе к оседлому образу жизни и паспортному учёту.

Встречается фамилия Жанайдар прежде всего в Казахстане и в прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Носители её редки, и в официальных базах данных она не входит в число распространённых. По одной из версий, имя Жанайдар могло быть составным и нести значение «новая душа» (от «жаңа» — новый), но в разговорной речи и в документах чаще закрепился вариант с «жан» именно как «душа». Спор этот не принципиален: в любом случае фамилия остаётся ярким примером того, как личное прозвище, связанное с внешностью или детским обычаем, стало родовым именем.