Фамилия Жанботина — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или, шире, восточная. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын или потомок Жанбота». Само имя или прозвище Жанбот состоит из двух частей. Первая, «жан», в тюркских языках (казахском, киргизском, башкирском) означает «душа», «человек». Вторая часть, «бот», — скорее всего, искажённое «бай» (господин, богач) или «батыр» (богатырь, воин). В казахском языке есть мужское имя Жанбай (душа-богач), а в башкирском — Жанбатыр (душа-богатырь). В русской записи «бай» или «батыр» могло перейти в «бот» из-за аканья или описки писаря. Таким образом, Жанбота — это человек с прозвищем «Богатая душа» или «Душа-воин».

Фамилия не упоминается в классических справочниках русских фамилий (Унбегауна, Никонова), что подтверждает её позднее и локальное происхождение. Скорее всего, она возникла в среде крещёных тюркских народов Поволжья или Приуралья (татары, башкиры, казахи) в XIX веке, когда при переходе в православие или при переписях тюркские имена фиксировались с русскими суффиксами. Носители фамилии могли быть выходцами из смешанных русско-тюркских поселений или из казачьих станиц, где оседали кочевники.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, основная масса носителей живёт в Оренбургской области и Башкортостане — это подтверждает географическую привязку к региону исторического взаимодействия славян и тюрков. Встречаются варианты написания Жанботин (мужская форма) и, реже, Жанбатин — с более точной передачей тюркского корня.

Мужской вариант фамилии — Жанботин — мог бы указывать на прямое отчество от имени Жанбота, но в русской традиции закрепилась именно женская форма как исходная, что необычно. Возможно, первоначальная запись в метрике была сделана по матери (вдова, солдатка) или фамилия прошла через канцелярскую ошибку. В любом случае, перед нами фамилия-свидетель: она хранит в себе тюркское имя, русский суффикс и историю культурного пограничья.