Фамилия Жанкуатов — редкий случай, когда на стыке двух языков, казахского и русского, родилась фамилия, которую можно разобрать почти по слогам. Её основа — составное имя Жанкуат. В казахском «жан» означает «душа», а «куат» — «сила», «мощь». Вместе это даёт значение «сила души» или «душевная мощь». Такие имена-пожелания были распространены в тюркской среде: родители вкладывали в имя ребёнка надежду на его внутреннюю крепость и выносливость.

Русский суффикс -ов превратил это имя в фамилию по стандартной модели: Жанкуат + ов. Для казахских имён и прозвищ это самый частый способ русификации в XIX–XX веках, когда фиксировались метрические записи, списки казаков и крестьян. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Жанкуато́в, хотя в устной речи встречается и вариант на второй слог — Жанкуа́тов, по аналогии с ударением в исходном имени.

Географически фамилия почти наверняка связана с Западным Казахстаном или прилегающими районами России (Астраханская, Оренбургская области). В этих местах в XIX веке активно шёл процесс перехода кочевников к оседлости, и многие казахи получали фамилии через русскую административную машину. Сословно предки Жанкуатовых, вероятно, были скотоводами или казахами, приписанными к казачьим войскам, но точных данных об этом нет.

Стоит отметить, что в самой фамилии нет указания на род занятий или место жительства — это чисто патронимическая форма, то есть «сын Жанкуата». Поэтому искать в ней прозвище ремесленника или указание на местность было бы ошибкой. В ономастических справочниках (например, в работах по тюркским фамилиям) эта фамилия не описана как массовая, что подтверждает её редкость и локальный характер.