Фамилия Жанмуханов — одна из тех, где на стыке тюркских корней и русского суффикса рождается сразу несколько версий. Если разобрать её по составу, основа «Жанмухан» — это личное имя, к которому добавили русский патронимический суффикс «-ов», означающий «сын» или «принадлежащий». В русской традиции так оформляли фамилии от отчества или дедовского имени, и здесь мы видим именно такой случай: предка звали Жанмуханом, а его потомки стали Жанмухановыми.

Само имя Жанмухан — составное, типичное для казахской и шире — тюркской ономастики. Первая часть «жан» (в тюркских языках «душа», «человек», «близкий») придаёт имени ласкательный или уважительный оттенок. Вторая часть «мухан» — более сложная. Чаще всего её возводят к арабскому «Мухаммад» («восхваляемый», имя пророка), которое в тюркской среде могло редуцироваться до «Мұхан» или «Мухан». Таким образом, Жанмухан — это «душа Мухаммада» или «близкий к Мухаммаду». Встречается и менее популярная версия, что «мухан» происходит от персидского «мухан» (музыкант, певец), но она слабее: в казахской антропонимии составные имена с религиозным компонентом — массовое явление, а с профессиональным — редкость.

Географически фамилия Жанмуханов почти наверняка уходит корнями в Казахстан. Такие имена, как Жанмухан, были распространены среди казахов, а суффикс «-ов» пришёл в XIX веке при русификации фамилий, в первую очередь у кочевого населения, переходившего на оседлость. Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс «-ов» крепится к полной форме отчества, здесь он добавлен прямо к самому имени, без промежуточного отчества. Это выдаёт относительно позднее оформление — фамилию могли дать уже в советское время по документам, или же предок был известен под именем Жанмухан, и его дети записались как Жанмухановы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жанмуратов, Жанмухамедов — показывает, что модель продуктивна: «жан» плюс имя пророка или уважаемого человека. Но в случае с Жанмухановым основа короче, без полного «Мухаммед», что указывает на разговорную, народную форму имени. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, были казахами из сельской местности, где имя Жанмухан бытовало как самостоятельное, а не как уменьшительное от Жанмухамед. Никаких сведений о дворянском происхождении или особом сословии нет — это типичная народная фамилия, закреплённая за родом.