Фамилия Жапабаев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом. Если разобрать её по составу, корень «Жапабай» — это личное имя, а суффикс «-ев» указывает на принадлежность: «сын Жапабая» или «из рода Жапабаевых». Такая модель типична для фамилий, которые возникли у тюркских народов в XIX–XX веках, когда их начали массово записывать в метрики по русскому образцу.

Само имя Жапабай, скорее всего, составное. Первая часть «жапа» восходит к казахскому или киргизскому слову со значением «сжимать», «давить», а в переносном смысле — «притеснять», «угнетать». Вторая часть «бай» — это традиционный титул богатого и уважаемого человека, хозяина. Таким образом, имя могло означать «угнетающий баев» или «побеждающий богачей» — прозвище, которое давали человеку за силу или бескомпромиссность в борьбе с несправедливостью. Впрочем, «жапа» могло быть и просто личным именем, без негативного оттенка, а «бай» лишь усиливало значение.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и Кыргызстана, особенно к Чуйской долине и окрестностям Бишкека. Встречается она и у казахов Старшего жуза. В дореволюционной России носители такой фамилии не фиксируются — она оформилась уже в советское время, когда у кочевых народов появились паспорта и единая система записи фамилий.

Интересно, что в русском языке у фамилии нет однокоренных аналогов: Жапабаев стоит особняком. Если сравнивать её с другими казахскими фамилиями на «-баев» (например, Аманбаев, Темирбаев), то здесь основа не столь прозрачна. Это говорит о том, что имя Жапабай было локальным, возможно, родовым прозвищем, которое не получило широкого распространения.