Фамилия Жанабаев образована по тюркской модели от личного имени Жанабай. Это имя составное: в нём соединились два значащих корня. Первый — «жана», что в тюркских языках означает не просто «новый», а «новый, совершенный, особенный». Второй корень — «бай»: традиционный компонент тюркских имён, указывавший на богатство, власть, статус хозяина или состоятельного человека. Родители, нарекая мальчика Жанабаем, желали ему стать не просто заметным, а именно особенным, удачливым и влиятельным человеком. Фамилия на -ев, в свою очередь, указывает на происхождение: Жанабаев — буквально «потомок Жанабая».

Словообразовательный суффикс -ев (вместо более частого -ов) характерен для фамилий, восходящих к основам на мягкие согласные, что в данном случае не решает — здесь он закрепился как стандартный вариант для многих тюркских имён на -ай. Географически фамилия Жанабаев распространена прежде всего среди казахов, а также у других тюркоязычных народов Центральной Азии. Встречаются варианты написания с начальным «Дж» — Джанбаев, что отражает особенности произношения в разных диалектах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жанбаев, Жанабаев — показывает, что основа «жана» встречается реже, чем просто «жан» (душа), что делает эту фамилию более редкой по семантике: она подчёркивает не душевное качество, а идею обновления и исключительности.