Фамилия Жанаев — один из примеров того, как тюркские и персидские корни переплелись в русской ономастике. Её основа — имя или прозвище, которое можно толковать по-разному, и в этом заключается главная сложность и интерес.

Самая вероятная версия ведёт фамилию к тюркскому имени Жанай. Оно составное: корень «жан» (или «джан») означает «душа», «дыхание», «жизнь», а элемент «ай» переводится как «луна». У тюркских народов «ай» в имени — традиционный пожелательный компонент: его давали мальчикам, родившимся в полнолуние или при ярком лунном свете. Луна символизировала красоту, верность и вечность. Таким образом, имя Жанай несли в себе пожелание, чтобы человек был «красивым, верным, долгоживущим». От этого имени через патронимический суффикс -ев и образовалась фамилия Жанаев.

Есть и другая гипотеза. Некоторые исследователи возводят фамилию к персидскому женскому имени Джана, которое переводится как «любимая». В этом случае фамилия могла указывать на происхождение от женщины с таким именем, что для восточных фамилий встречается, но реже, чем образование от мужского имени.

Исторический контекст появления фамилии Жанаев в России связан с активным проникновением выходцев из тюркской среды в русское дворянство в XV–XVII веках. Многие служилые люди из Золотой Орды, от печенегов или половцев, переходили на русскую службу, принимали православие и получали поместья. Их потомки нередко сохраняли родовые имена, которые со временем закреплялись как фамилии. Именно этим объясняется, что фамилия с явно восточной основой органично вошла в состав русских фамилий.

Словообразовательная модель Жанаев проста: тюркское имя Жанай плюс типичный русский суффикс принадлежности -ев. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде служилых людей и казачества, где фиксировали имя отца или основателя рода. Сословно фамилия могла принадлежать как дворянам, так и крестьянам или казакам — однозначных данных об исключительной принадлежности к аристократии нет.