Фамилия Жапеков образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит слово «Жапек» или «Жапак», и первый носитель фамилии был сыном или потомком человека с таким прозвищем.

Корень «жап-» отчётливо ведёт в тюркские языки, где слово «жап» или «жапа» имеет несколько значений. Самое вероятное — «закрывать», «запирать», «покрывать». В казахском и киргизском языках «жабу» — это покрывало, попона, а «жапкыш» — крышка. Прозвище Жапек могли дать человеку, который занимался изготовлением или продажей попон, либо тому, кто жил уединённо, «закрыто». Менее распространённая, но тоже возможная версия — от тюркского «жап» в значении «сторона», «бок»: такое прозвище могло указывать на место жительства (например, «с той стороны оврага»).

Суффикс -ек в основе — это уменьшительно-ласкательная форма, распространённая в тюркских именах и прозвищах (сравните: Айбек, Кунанбай). То есть Жапек — это не грубое прозвище, а скорее бытовое, домашнее имя. В русских документах XVII–XIX веков такие имена часто фиксировались у служилых татар, башкир, казахов, переходивших в крестьянское или казачье сословие.

Географически фамилия Жапеков сегодня чаще всего встречается в Казахстане и среди казахов России (особенно в Астраханской, Оренбургской областях). В русских переписных книгах она не упоминается — это говорит о том, что фамилия вошла в русский именослов относительно поздно, в XIX–XX веках, через ассимиляцию тюркского населения. Сословно предки Жапековых, скорее всего, были кочевниками-скотоводами или крестьянами, а фамилию получили при переходе на оседлость и записи в метрические книги.

Интересная деталь: написание фамилии через «е» (Жапеков) подсказывает, что в исходном слове был мягкий звук [к] или [қ], который в русской передаче дал «ек». Если бы основа звучала твёрдо (Жапак), фамилия записалась бы как Жапаков. Такие тонкости помогают отличить фамилии, образованные от имён с разными оттенками произношения.