Фамилия Жаутикова — женская форма фамилии Жаутиков. В русской традиции такие фамилии закрепились за женщинами в качестве производных от мужской фамилии предка (отца или мужа). Сама же основа фамилии — Жаутик — тюркского происхождения, что сразу указывает на географию её возникновения: скорее всего, Поволжье, Приуралье, Казахстан или регионы Северного Кавказа.

Корень «жау» в тюркских языках означает «враг», «недруг» или «войско противника». Слово «жау» активно используется в казахском, башкирском, татарском и других языках кыпчакской группы. Суффикс «-тик» (или «-дык») образует прилагательные и существительные со значением свойства или качества: «жаутик» буквально можно перевести как «вражеский», «относящийся к врагу» или «воинственный». Таким образом, Жаутик — это прозвище, которое давали либо человеку с крутым, воинственным нравом, либо тому, кто происходил из враждебного рода или племени. В условиях кочевого быта такое прозвище могло отражать реальную историю: предок мог быть пленником из вражеского племени или, наоборот, прославиться в боях.

Модель образования фамилии типична для русификации тюркских прозвищ: к основе Жаутик добавили русский патронимический суффикс «-ов», что означало «сын (или потомок) Жаутика». Фамилия Жаутиков могла появиться в среде крещёных татар, башкир или казахов, перешедших в русское подданство и получивших фамилию по отцовскому прозвищу. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Смирнов, Жаутиковы, вероятно, ведут род из одного относительно небольшого села или аула.

В написании фамилии есть особенность: буквосочетание «жу» в начале слова для русского уха нехарактерно, что ещё раз подтверждает её иноязычный корень. В некоторых документах можно встретить вариант Жаутыков — с буквой «ы» вместо «и», но это лишь отражение разного произношения тюркского звука. Спорных версий происхождения у этой фамилии немного — основная гипотеза о «вражеском» корне наиболее прямая и логичная, альтернативные связки с личным именем Жаутик (если бы оно существовало) не подкреплены источниками.