Фамилия Жайлганов интересна тем, что её основа — не славянская, а тюркская. Она образована от мужского имени или прозвища Жайлган. В казахском, башкирском и других тюркских языках слово «жай» имеет несколько значений: «лето», «покой», «ровный», «широкий». Глагол «жайыл» означает «распространяться», «расстилаться», «размещаться». Соответственно, «жайылған» (в русской записи «жайлган») — это причастие со значением «распростёртый», «разостланный», «разместившийся».

Скорее всего, прозвище Жайлган давали человеку неторопливому, спокойному, широкому в движениях, либо тому, кто жил на открытой, ровной местности. Встречается и другая версия: в некоторых тюркских диалектах «жайлган» — это «тот, кто расположился на летовке» (на жайляу). Так могли назвать человека, который кочевал на летние пастбища, или того, кто оставался на них дольше других.

Русский суффикс -ов присоединился к основе уже в процессе оформления фамилии в документах, когда носителей тюркских имён записывали по русской модели: «чей?» — «Жайлганов». Это типичная картина для южноуральских, оренбургских, сибирских и казахстанских регионов, где в XIX веке активно шёл процесс русификации фамилий у казахов, башкир, татар.

Фамилия редкая. Её географическая привязка — в основном Казахстан (особенно Актюбинская, Костанайская области) и прилегающие территории России (Оренбуржье). В дореволюционных метрических книгах она почти не встречается, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, уже в советское время, когда фамилии стали обязательными для всех.

Если сравнивать с однокоренными, то к той же основе восходят фамилии Жайлин, Жайлов, Жайлганов — все они указывают на одно и то же исходное прозвище, но с разными суффиксами или диалектными огласовками. С точки зрения словообразования, Жайлганов стоит особняком: суффикс -ган- в основе — это тюркский аффикс причастия, что делает фамилию более «тюркской» по внутренней форме, чем, скажем, Жайлов, где корень сразу обрусевший.