Фамилия Жайнакова — женская форма, мужская — Жайнаков. Её основа восходит к тюркскому имени или прозвищу Жайнак, которое, скорее всего, образовано от слова «жайна» — в ряде тюркских языков (казахском, киргизском) это глагол со значением «блистать», «сиять», «цвести». Соответственно, Жайнак можно перевести как «блистающий», «сияющий», «цветущий». Это типичное для кочевых народов личное имя-пожелание: родители желали ребёнку благополучной, яркой жизни.

Словообразовательная модель проста: к основе Жайнак добавляется русский суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова). Такая модель массово закрепилась за тюркскими фамилиями в XIX–XX веках, когда при документальном учёте населению Российской империи присваивали фамилии по отцу. То есть Жайнаков буквально означает «сын Жайнака», а Жайнакова — «дочь/жена Жайнакова».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции именования: Казахстан, Киргизия, а также юг Урала и Западная Сибирь (Оренбуржье, Алтай). В русских переписных книгах и метриках она встречается редко, что указывает на её относительно позднее оформление — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда оседлые казахи и киргизы начали массово получать фамилии по отчеству.

Стоит отметить, что в некоторых диалектах «жайнак» могло быть не именем, а прозвищем — например, так называли человека с заметной внешностью, весёлого нрава или того, кто любил принарядиться. В любом случае, этимология остаётся «светлой»: фамилия не несёт негативного или профессионального оттенка, а связана с личным качеством или пожеланием.